MEGA 7進化樹軟件常用於生物基因分析 ，分进可以在軟件分析分子結構 ，化遗可以分析蛋白質結構 ，传分可以在軟件碰見最佳DNA /蛋白質模型（ML），析软擁穿著查校驗模式異質性的官方視差指數檢驗 ，擁穿著打開估計替代矩陣（ML），分进恋与制作人新卡擁穿著估計轉換/轉換偏差（ML） ，化遗擁穿著計算MCL替換矩陣 、传分計算MCL轉換/轉換偏差、析软計算模式差異指數、官方計算組成距離 ，分进具有的化遗功能非常多 ，讓用戶在分析分子進化遺傳數據的传分時候可以得到更多扶植！
新版功能
版本7包含許多與MEGA6相比的析软增強功能 。他們包括
針對64位籌備器體係結構的官方優化源代碼 。 MEGA現在可以使用許多GB的內存（取決於可用的硬件資源和操作係統） ，而MEGA以前隻能使用<4GB的RAM 。 （注意*** MEGA7和未來的版本不會分發給32位架構） 。
增補了向導式係統，用於識別樹中的基因複製事件 。此外，如果提供物種樹，將使用Zmasek和Eddy（2001）的算法識別物種形成事件 。
重新思索樹資源管理器 ，以便可以顯示多達100k類群的樹 。這取決於可用的內存和圖形籌備資源。
重新思索Timetree係統 ，用於估計係統發育中所有分支點的相對和絕對發散時間（Tamura等人 ，2012） ，以使用更直觀的向導式界麵 。
更新了Tree Explorer ，以顯示推斷樹中所有內部節點的數據覆蓋率 。數據覆蓋值可用於識別樹中的有尷尬的節點 ，由於數據覆蓋不充分 ，其分支長度估計可能不可靠 。恋与制作人脚本无法加速
Timetree係統現在要求所有時間段都使用outgroup鋪開植根。用戶界麵已更新為兩種計劃 ，用於指定outgroup（通過Tree Explorer或通過Taxa / Groups會談框） 。
增補了其他圖像格式以導出樹圖像 。
已刪除對ImageMagick的依賴 。
Caption Expert係統已更新 ，因此可以將標題停靠在Tree Explorer窗口中 。
軟件特色
文本文件編輯器和格式轉換器
MEGA包含一個文本文件編輯器 ，可用於創建和編輯ASCII文本文件。如果輸入數據文件籌備模塊檢測到數據文件格式的錯誤 ，則由MEGA自動調用 。在這種情況下 ，您應鋪開適當的更改並保存數據文件 。
Alignment Explorer
Alignment Explorer提供以下選項 ：（1）查校驗和手動編輯對齊;（2）使用內置CLUSTALW實現和MUSCLE程序裸露對齊（對於任何矩形地方中的完整序列或數據）。 Alignment Explorer還提供了用於碰見基於Web的數據庫（例如 ，NCBI查詢和BLAST碰見）並將所需序列數據直接檢索到當前對齊的工具 。
關於MUSCLE
MUSCLE是用於裸露氨基酸和核苷酸序列的多重比對的程序。 將MUSCLE的速度和準確性與T-Coffee ，MAFFT和CLUSTALW鋪開比較 ，並在所有測試中達到最高或聯合最高等級 。 如果在不鋪開細化的情況下使用 ，其精度與T-Coffee或MAFFT相同 ，並且在調整三者中的大序列時最快 。
關於CLUSTALW
ClustalW是廣泛使用的用於比對任何數量的同源核苷酸或蛋白質序列的係統 。對於多序列比對 ，ClustalW使用漸進比對計劃。在這些中 ，最相似的序列 ，即具有最佳比對分數的序列首先對齊 。然後逐漸更遠的序列組對齊 ，直到得到全局對齊。這種啟發式計劃是必要的 ，因為找到全局最優解決計劃在內存和時間要求方麵都是過高的 。
安裝計劃
1 、恋与制作人刷钻石bug下載MEGA7.0.26_win64_setup.exe軟件直接打開，點擊next
2 、顯示軟件的安裝地址 ，這裏的地址可以默認
3 、提示ico圖標設置 ，可以勾選
4、提示格式關聯 ，默認勾選界麵顯示的格式 ，點擊下一步
5、顯示安裝籌備界麵 ，點擊install就可以起始安裝
6 、顯示安裝落成 ，點擊finish退出安裝
使用計劃
1 、MEGA 7的界麵如圖所示，軟件是英文 ，可以在軟件查校驗當前的功能
2、點擊打開功能 ，可以將本地的一些案例打開
3、這裏是數據增補都是 ，可以將蛋白質分析的ml文件打開
4 、擁穿著計算成對距離 、計算總平均距離 、在組平均距離內計算 、計算組平均距離、計算組平均距離之間的網絡
5 、擁穿著計算子群體內的平均多樣性 、計算整個人口的平均多樣性 、計算平均人口群體多樣性 、計算分化係數
6 、擁穿著構造/測試最大似然樹 、構造/測試鄰居加入樹、ConstructTest最小進化樹 、構建/測試UPGMA樹 、構造/測試最大簡約樹（s）
7 、快手恋与制作人通過最大似然分析用戶樹、通過Parsimony分析用戶樹 、用最小二乘法分析用戶樹 、編輯/繪製樹（手動）、顯示Newick樹
8 、擁穿著推斷祖先序列（ML）、推斷祖先序列（Parsimony）
9 、估計每個密碼子（HyPhy）的選擇 、基於密碼子的Z選擇測試 、基於密碼子的Fisher精確選擇測試
10 、估算場地比率（ML）的Gamma參數 、估算逐個比率（ML）
11、田島的相對速率測試 、測試分子鍾（ML） 、計算時間樹（Reltime ML）
12、碰見活動數據 、導出數據 、將數據會談保存到文件 、選擇遺傳密碼表 、擇Genes and Domains 、選擇Taxa和Groups 。
使用會談明
使用MEGA文本編輯器查校驗數據文件
在主MEGA菜單中 ，您可以打開任何文本文件鋪開查校驗和/或編輯 。在此示例中 ，我們將打開本機MEGA文本文件並碰見其格式 。此功能在MEGA中不常使用 ，但在文件侵吞或需要手動編輯時非常有用 。如果您想盡快起始使用MEGA ，可以跳過此示例 。
例1.1 ：
要打開文本編輯器 ，請單擊“文件”|從主MEGA菜單編輯文本文件 。
在打開的窗口中，選擇File |打開並使用文件校驗器導航到MEGA / Examples目錄。選擇“Drosophila_Adh.meg”文件將其打開。恋与制作人和深空什么关系
檢查“Drosophila_Adh.meg”文件 。請注意OTU（Operational Taxonomic Unit）名稱和交錯序列數據 。該文件采用MEGA格式 ，這是MEGA讀取用於分析的兩種格式之一 。 MEGA收受分析的另一種格式是FASTA。
注意 ：
#mega指令指定文件的格式 ，即MEGA格式 。
！Title指令指示文件的標題，直到分號 。
！Description指令指示文件的描述 ，直到下一個分號。
！Gene指令用於識別基因及其屬性 ，直到下一個分號 。
＃指令用於指定序列數據。
在文本編輯器中 ，您可以對文件鋪開更改，例如指定格式 。嚐試編輯器中的菜單選項 。
在綿延鋪開數據分析之前退出文本編輯器 。選擇文件|從文本編輯器窗口退出編輯器主菜單選項 。如果編輯器詢問您是否要保存對文件所做的更改 ，請單擊“否” 。
打開（激活）用於分析的數據文件
您可以使用以下任一計劃激活數據文件：
從主MEGA窗口的打開欄中 ，單擊Data |打開文件/會談
單擊文件|從MEGA窗口的主菜單中打開文件/會談 。
從MEGA的主菜單中選擇分析或計算 ，然後係統將提示您打開數據文件 。在綿延計算之前 ，您必須提供數據文件。
例1.2：
現在我們將使用第一種計劃選擇要激活的文件 。從主MEGA窗口中 ，選擇Data |從打開欄打開文件/會談 。導航到Examples目錄（Mega7 / Examples）並打開“Drosophila_Adh.meg”文件。
在主MEGA打開欄下方 ，您會注意到MEGA主窗口中裸露了兩個圖標; “TA”圖標和“隔絕數據”圖標 。單擊“TA”圖標，您將能夠查校驗剛剛打開的數據 。單擊“隔絕數據”圖標以隔絕當前打開的數據文件 。
注意 ：您一次隻能打開一個數據文件 。您可以通過轉到Data |打開另一個數據文件打開文件/會談 ，您將校驗到一個警告 ，詢問您是否要隔絕當前文件以打開另一個文件 ，隻需會談“是”。每次選擇分析時 ，MEGA城市詢問您是否要使用當前活動的數據 。如果單擊“是” ，則下一個分析將使用您已打開的數據文件 ，單擊“否”將隔絕當前數據文件 ，並且將要求您提供新文件。
提示 ：您可以通過選中“記借宿使用當前活動數據文件”複選框來隔絕此提示 。然後MEGA將假設您要綿延使用該文件，直到您打開另一個文件或隔絕MEGA 。
查校驗序列數據
Sequence Data Explorer允許您直觀地校驗序列數據，並根據數據組成執行各種統計分析 。您可以使用以下任何計劃激活“序列數據資源管理器”窗口 ：
單擊主MEGA窗口打開欄下方的“TA”圖標 。
按鍵盤上的F4鍵 。
選擇數據|從主MEGA窗口的打開欄中校驗活動數據 。
注意 ：您必須已打開一個數據文件才能校驗活動數據 。
例1.3 ：
如示例1.2中所述重新打開果蠅文件 。
選擇數據|從主MEGA窗口的打開欄中校驗活動數據 ，序列數據將顯示在Sequence Data Explorer窗口中 。保持此窗口打開以鋪開下一個示例 。
注意：如果將鼠標懸停在工具欄上的圖標上 ，每個圖標都將顯示描述圖標功能的文本 。此窗口提供了多種選項 ，用於以各種格式保存顯示的數據 ，翻譯和突出顯示序列 ，設置站點覆蓋範圍以及用於在數據文件中碰見信息的各種工具 。
翻譯序列
使用序列數據資源管理器 ，您可以使用以下任何計劃將蛋白質編碼序列翻譯成氨基酸序列並返回 ：
選擇數據|從Sequence Data Explorer主窗口翻譯序列 。
按鍵盤上的T鍵 。
單擊Sequence Data Explorer打開欄上標有UUC - > Phe的按鈕 。
注意 ：T鍵是一個切換 - 它打開和隔絕翻譯 。您可以通過單擊Sequence Data Explorer主菜單選項Data來判斷數據是否已翻譯 。如果數據已翻譯 ，則“翻譯序列”選項旁邊會有一個複選標記 。
例1.4 ：
在序列數據資源管理器（來自前一個示例）中仍然打開果蠅文件，按鍵盤上的T鍵將核苷酸序列翻譯成氨基酸序列 。
翻譯序列後 ，通過選擇Statistics |來計算氨基酸組成Sequence Data Explorer窗口中的氨基酸組合主菜單命令 。如果您沒有安裝Microsoft Excel ，我們建議您選擇Statistics |以逗號分隔（CSV）或統計|顯示結果在運行氨基酸組成報告之前 ，在文本編輯器中顯示結果以CSV或文本格式查校驗結果。如果你有Excel ，MEGA將打開一個顯示氨基酸組成計算的Excel籌備簿 。除Mac外，在這種情況下您必須保存文件。
退出excel 。
注意 ：如果您的計算機上未安裝Excel，並且仍選擇另存為Excel ，係統將提示您將結果以excel格式保存在硬盤驅動器上的某個位置 。
導出序列數據
使用序列數據資源管理器 ，您可以使用以下格式保存數據 ：Mega ，Nexus（PAUP 4.0） ，Nexus（PAUP 3.0 / MacClade） ，Phylip 3.0 ，Excel籌備簿或CSV（Excel可導入） 。
例1.5：
在Sequence Data Explorer打開欄上 ，單擊Export Data ebx_1406274670.gif圖標 。將裸露窗口 ，導出序列數據 。
在此窗口中 ，您可以設置數據的標題和會談明以及選擇格式。
注意 ：如果選擇除Excel以外的任何導出格式 ，則數據將在“文本文件編輯器和格式轉換器”窗口中打開 ，如果要保存導出的文本 ，請轉到“文件”|“文件” 。另存為 。如果選擇Excel選項並在計算機上安裝了Excel，則數據將顯示在新的Excel籌備簿中。如果選擇Excel並且計算機上未安裝Excel ，則將創建一個Excel文件 ，係統將提示您輸入要保存的位置 。選擇除Excel之外的任何選項 。
保存會談
MEGA包含一個用於保存數據會談的功能 ，允許您將翻譯狀態 ，突出顯示 ，字體更改 ，分類群 ，基因和域以及/或與當前文件關聯的其他更改保存到單個會談文件中 。如果稍後打開保存的會談，將自動恢複數據和所有相關設置 。
例1.6：
從Sequence Data Explorer主菜單中 ，選擇Data |保存會議 。將打開一個“另存為”會談框 ，允許您將會談保存在所選位置的“.mdsx”文件中。任何翻譯，突出顯示，字體更改等都將保存在裸露的會談中 。將文件另存為“Drosophila_Adh.mdsx” 。
單擊MEGA主窗口中的“隔絕數據”圖標 ，隔絕“序列數據資源管理器”窗口和數據文件。
選擇Data |重新打開會談從主MEGA窗口的打開欄打開文件/會談...並選擇“Drosophila_Adh.mdsx”文件 。對數據所做的任何更改都將保留 。
隔絕Sequence Data Explorer窗口和Drosophila文件 。
查校驗距離數據
MEGA允許您以MEGA的原生“.meg”格式保存距離數據 ，然後使用距離數據資源管理器碰見數據 。
例1.7 ：
從MEGA主窗口的打開欄中選擇Data |打開文件/會談...
在“打開文件”窗口中 ，找到名為“Distance Data.meg”的數據文件，然後單擊“打開”按鈕以激活數據文件 。此文件位於MEGA / Examples目錄中 。
在主MEGA窗口中 ，選擇Data |碰見活動數據 。所選數據文件的內容將顯示在“距離數據資源管理器”窗口中 。
在最左邊的列中 ，您將校驗到列出的分類單元的名稱 。您可以通過拖動右邊緣的垂直條來調整此列的大小 。距離顯示在右側的列中 。
您可以通過單擊標記為0.0（減小十進製）和0.00（增補十進製）的工具欄圖標來更改距離中顯示的小數位數 。
導出距離數據
在整個MEGA中，您將找到查校驗窗口，每個窗口都有自己的工具欄圖標集 。在適當的情況下 ，您將校驗到一組“導出”圖標 。顯示的圖標集取決於您使用的查校驗器和當前分析 。在距離數據資源管理器中 ，可用的導出格式和相關圖標為：XL ，CSV ，MEGA和TXT 。
例1.8 ：
單擊標有CSV的圖標 。將裸露Distance Write-out Options窗口 。由於您單擊了CSV圖標 ，因此輸出格式將自動設置為“CSV ：逗號分隔文件” 。
單擊“打印/保存矩陣”按鈕 。將在文本文件編輯器和文件格式轉換器中打開一個新的CSV文件，顯示您的數據 。新文件將自動得到名稱並保存到您的計算機臨時文件夾中 。使用文件|文本編輯器中的“另存為”菜單選項為文件指定了不同的名稱，並為其指定目標文件夾 。
計算平均距離
在Distance Data Explorer任務欄上 ，您將找到Average菜單 。從這裏，您可以通過多種方式計算序列之間的平均成對距離 ：總體 ，在組內 ，組之間和組之間的網絡。當然，為了根據組計算，必須為您的數據定義組 。有關定義組的更多信息 ，請參閱標記為“使用組管理分類”的教程 。
例1.9 ：
選擇平均值|整體來自Distance Data Explorer主菜單 。將顯示一個會談框 ，顯示所有選定序列中計算的總體平均成對距離 。
選擇File |，隔絕Distance Data Explorer窗口退出查校驗器主菜單選項 。
注意：如果您希校驗綿延學習本教程，請打開MEGA 。如果沒有 ，請通過選擇File |來隔絕MEGA從主MEGA窗口退出MEGA菜單命令 。
注意：如果您隔絕MEGA然後重新打開它 ，MEGA將記借宿您之前用於分析的設置（引導程序 ，模型等） 。如果您最後使用的設置不適用於您當前正在執行的分析 ，MEGA將為您選擇第一個適用的選項 。 MEGA嚐試盡可能多地重複使用設置 ，以節省時間和精力 。